Wyróżniamy dwie metody frakcyjne :
• Metoda ablacyjna. Laser frakcyjny ablacyjny CO2 wywołuje mikro nakłucia w skórze, a w miejscu nakłucia naskórek i skóra właściwa do odpowiedniej warstwy ulega odparowaniu. Przede wszystkim laser ablacyjny uznajemy jako „mocniejszy” w porównaniu z laserem nieablacyjnym. W związku z tym pozwala osiągnąć bardziej spektakularne efekty
• Metoda nieablacyjna. Laser frakcyjny nieablacyjny podobnie jak laser ablacyjny wywołuje mikro dziurki. W przeciwieństwie jednak do lasera ablacyjnego w miejscu nakłucia skóra jest tylko skoagulowana. Stąd laser nieablacyjny uznajemy jako słabszy.
Porównując efekty możemy powiedzieć, że aby uzyskać taki sam rezultat, to w przypadku lasera ablacyjnego wystarczy jeden zabieg, z kolei w przypadku lasera nieablacyjnego należy wykonać około 4 zabiegi. Należy jednak zwrócić uwagę na długość procesu gojenia. Podczas gdy po zabiegu laserem ablacyjnym proces gojenia zajmuje około 5 dni, to po zabiegu laserem nieablacyjnym na drugi dzień możemy wrócić do codziennych czynności.